* ومهام الهيئة تتمثل فى تحقيق ثلاثة أهداف رئيسية :
أولا: تطبيق أحكام القانون 106 لسنة 1973 والقانون 75 لسنة 2007 الخاص بمراقبة نقاوة الأصناف التجارية من كافة أنواع الخلط للأصناف والرتب حفاظا على خصائص الأقطان المصرية المميزة عالميا.
ثانيا: مراقبة جميع مراحل تداول القطن المصرى بدءا من حلقات التجميع فى الريف وحتى تسليمه للمغازل المحلية أو التصدير شعرا بغرض التجانس ومنع كافة أنواع التلوث والخلط من خلال المواقع التنفيذية للهيئة بالإسكندرية وكافة المحافظات والمراكز الإدارية المنتجة والتى بها محالج ومكابس وشون المصانع وشركات التصدير.
ثالثا: أداء جميع الخدمات الفنية للأطراف المتعاملة فى الأقطان الزهر والشعر فى كافة مراحل التداول مع إصدار الشهادات بنتائج إختبارات الخواص التكنولوجية كذلك إختبارات الرطوبة وأيضا الشهادات الخاصة بفرز الخبراء حيث أن كل الشهادات التى تصدرها الهيئة معتمدة محليا وعالميا من خلال قطاعات الهيئة الفنية:
1- قطاع الفرز والتحكيم بالداخل.
2- قطاع الخبراء المحلفون.
3- قطاع إختبارات الرطوبة.
4- قطاع إختبارات الغزل والتيلة.
5- مركز التدريب الدولى.
6- مركز المعلومات والتوثيق.